آزمایشگاه بالینی این مرکز در سال 1373 شروع به کار نموده است.در این آزمایشگاه آزمایش های هماتولوژی ، بیوشیمی ، انگل شناسی ، تجزیه ادرار ، سرولوژی و میکروب شناسی انجام می شود.

 تا سال 1384 نیز آزمایش فلوسیتومتری انجام می شده است.از سال انجام 1383 آزمایشات انعقادی نیز به آزمایشگاه اضافه گردید. در سال 1393 تعداد 15/252 بیمار سرپایی و 73264 بستری پذیرش شد برای این بیماران 494370 آزمایش انجام شد.بانک خون بیمارستان در شهریور 1372 احداث گردید.در بانک خون این مرکز تمامی فراورده های مورد نیاز بیماران از جمله پلاکت ، پلاسما ، کرایو، خون شسته شده تهیه می گردد. همراه با افزایش و پیشرفت تهیه فراورده های اختصاصی در سازمان انتقال خون ، بانک خون این مرکز نیز فراورده های SDP(Single donor platiat) و خون و فراورده های اشعه دیده ، ارائه می گردد.قابل ذکر است بانک خون این مرکز بیماران تالاسمی دیگر استان ها را نیز پوشش می دهد. و بیماران با مشکلات خاص که در مراکز دیگر قادر به تهیه خون نمی باشند ، به این مرکز مراجعه کرده و خون و فراورده های خونی دریافت می کنند.